孙恩的起义军在攻陷会稽以后在这里驻扎，并等待东晋主力军队，希望在这里决战，但是因为孙恩的能力有限，不能有更高的政治抱负，所以他在作战中并不占优优势，最终被东晋军队击败。

在第一次攻击失败以后，孙恩带领队伍逃回了海岛，这次他带回了大量的人，于是依靠这些资本他开始了后续的几次攻击内陆，但是自己的力量有限，又没有清晰的目标最终孙恩还是失败了。失败以后的孙恩虽然还是被信徒包围，但是他的力量已经相当薄弱，只有几千人。孙恩害怕失败被当时的朝廷捉住，所以在元年402年三月，进攻临海失败以后孙恩跳海自杀，这就是孙恩结局。

孙恩结局令人惋惜，但是他也开创了一种新的反抗模式，就是从海上进攻内陆，这为后来的海盗提供了丰富的经验，中国的海盗也自此开始。