孙恩起义的影响非常大，虽然他攻打内陆开始的时候只有几百人，但是随着声势的不断壮大，投奔的人越来越多，当孙恩攻打下几处县城以后已经发展到了几万人马，力量大大增加了。之后孙恩攻击了会稽，在这里固定下来开始招兵买马，这时候三吴的八个郡已经全部响应孙恩起义，孙恩成为了起义军领袖，这时候起义军已经发展到了几十万人，对东晋造成了巨大的威胁。

孙恩和东晋先后进行了六次战争，最接近成功的一次就是突击东晋都城建康。但是因为孙恩的才能有限最终失败了，但是这并不影响孙恩起义的重大历史意义。值得注意的是孙恩起义也形成了一个特殊的职业，那就是海盗。