杜文秀起义失败后，清朝在这一地区的总督曾对帅府进行一系列改建，导致杜文秀帅府大部分被拆迁，但是并没有完全撤除杜文秀帅府大门和紫禁城。光绪十年又进行修建，并又改为云南提督府。民国时期先后作为腾大师管区、楚大师管区和滇西师管区司令部驻地。杜文秀帅府经历许多次的修建、拆迁、改建，历经风雨，至今仍尚存杜文秀帅府大门、紫禁城半部城墙以及帅府内堂大门，白虎堂及两侧厢房等建筑，保留杜文秀建筑风格和历史痕迹。1988年杜文秀帅府维修后改建为大理市博物馆，主要陈列当地出土的古时候的生活器具、以及历朝历代的优秀艺术加工品。杜文秀帅府1993年被云南省文物评为保护单位，现在前去参观的人们仍可以看到当初的宏伟壮观。