尽管噶尔丹的伤亡情况比较严重，但是噶尔丹叛乱这件事并没有完全平息，于是康熙第二次率领军队出战，这一次让噶尔丹再次受到重创，不仅手下将领损失了很多，就连他的妻子也战争中去世，最后他只能带领着不足一百人逃亡。经过了两次战争噶尔丹仍旧顽强的抵抗着，于是在1697年康熙再次穿过黄河发动战争，这一次噶尔丹手下很多将士纷纷投降，噶尔丹已经到了孤身一人的境地，只能自杀身亡。