可是，现在规模宏大的孔林，却在新中国成立之后，那个最动乱的年代之内，受到近乎毁灭性的打击。根据解封的一些文革档案，我们可以知道在1966年11月11日，当时担任中央文革小组的组长陈伯达发到曲阜的电报上，是这样写的“孔庙、孔府、孔林不要烧掉，但是孔坟可以挖掉”。后来，一些红卫兵动用了雷管炸药，将孔子的坟墓炸开，墓中的陪葬品被围观的群众哄抢一空，孔子的遗骸也被挖了出来，孔子的坟墓得到了巨大的破坏。

孔子一生提倡“克己复礼”，他的葬礼集中了夏商周三朝的礼节，但是非常的简洁，下葬的坟墓规模也非常的小，和一般平民的墓葬没有多大的区别。