在1681年的时候朱之瑜因为水土不服的关系导致生了一场大病，不仅浑身上下都生满了疥疮，而且只能躺在床上休息，根本不能有任何的活动。这样的生活非常的难熬，而且病情也总是不见好，在第二年朱之瑜的病再也无法治疗最终去世了，这一年他已经八十三岁高龄。因为他是在大阪地区离开人世的，所以墓地也就建在了水户藩主的陵墓之地瑞龙山上，本来日本和中国的墓地是有很大不同的，而为了表示朱之瑜没有忘记国家，也为了表示他对明朝的忠诚，所以墓地特别按照明朝的形式建造，并且还特意立下了碑文，上面镌刻着命徽君子朱子墓，并且送他文公先生的谥号。

当时德川还特地带领着属下亲自到朱之瑜墓前祭拜，在2011年的时候，朱之瑜的后人还曾经去朱之瑜墓前为这位先人扫墓，他的第十一代的孙子还将一捧墓前的土带回了故乡，而整个祭拜的过程德川家的当代掌握权势的人也一直全程陪伴着，并且向人们表示他的后代将会继续守护朱之瑜墓。