而在后期，由于外来教会在中国的影响力进一步扩大，甚至干涉到了中国的内政问题，所以在1704年政府采取了一些抵制措施。在16年后清政府开始实行禁教政策，在1727年又明确规定了外国的商船只能行驶到福建、厦门两处。这一措施在一定程度上限制了外来势力的发展，但是也影响了中国的经济。

到了1757年，乾隆皇帝颁布了一道“一口通商”的政令，规定要关闭除了广州以外的其他几个通商口岸。而这一命令，标志着清政府彻底奉行起了闭关锁国政策。

到了后期清朝政府也没放松对这一政策的实施，在1759年发布了一个文件。文件限制了外国人在中国的买卖行为，规定外国人只能在规定的时间来广州进行贸易，限期以满必须立即离去。另外外商在中国的时候，只能在当地雇佣翻译人员，不能私自传递信件。最严厉的是，清政府加强了对河防的监督，用以监视外来船舶以及过路商人之间的活动。

而从这一步步的措施来看，政府一直在实行严格的政策控制，从闭关锁国的过程可以看出，政府对该政策的重视程度。