但是后来公孙敖前去匈奴接李陵回朝未果，公孙敖没能完成任务，于是就向汉武帝造谣说是看见了李陵在匈奴练兵，准备帮助匈奴攻打大汉。汉武帝盛怒之下杀了李陵的家人，为李陵说话的司马迁也受到了牵连，要被处以死刑。当时法律规定，处以死刑的人如果能拿出五十万的赎金就能保命，或者降死刑为宫刑，以此求生。司马迁为完成父亲的遗愿，完成自己的使命，于是选择接受宫刑。

出狱之后，司马迁忍辱负重最终完成了史学著作《史记》，而宫刑，从某种程度上对于司马迁来说，是他前进的动力。