首先，是财政问题。当时新政府刚刚成立，各地的税收无法被政府有效管控，导致财政赤字。而为了维持政府的运行，各方面都是急需用钱的时候。而且当时清政府刚刚解散，和国外签订的不平等条约赔款问题还没有得到妥善解决，财政出出捉襟见肘。所以袁世凯就提出向国外银行贷款的意见。但是国外银行对他提出的贷款利率很高，遭到内阁的反对，其次，内阁人员问题。唐绍仪内阁是由南北双方势力的代表人物组成的，这样的组合看似完美，其实存在着许多不可协调的问题。比如工商总长陈其美，他压根就没有到北京就职；内务总长赵秉钧，几乎从不出席内阁会议。而在借款的问题上，财务总长熊希龄直接无视总理唐绍仪的存在，直接和袁世凯总统协商。如上总总，直接导致唐绍仪内阁人员无法有效调控。

而唐绍仪本人和袁世凯之间的关系，是导致其内阁垮台的最直接因素。两个人虽然关系不错，但政见上很难达到统一，所以两个人经常发生口交。

6月27日，唐绍仪向袁世凯提出辞职。这就意味着中国的第一个内阁“唐绍仪内阁”的正式解散。