元祐更化的第三步，就是打击变法派。章惇曾经批判司马光恢复差役法，结果被保守派打击报复直至被迫赋闲。蔡确写首《车盖亭诗》，结果也被贬谪至新州到死。变法派整日惶恐不安，有些人甚至连冷水都不敢喝，生怕被人下毒。

元祐更化的过程，实际上就是历史倒退的过程。虽然王安石新政有些措施较为残酷，但对北宋王朝来说，是一次进步。元祐更化，为北宋王朝没落奠定了基础。