嘉靖不杀海瑞大致有三种原因。一是海瑞的名声，虽说他的官小，却有深受百姓爱戴的名声。其居官清廉，救济黎民，被人民称为“海青天”，深得百姓敬佩和爱戴。如果杀了海瑞，肯定天下震动。二是嘉靖皇帝欣赏海瑞，可以让他继续惩罚贪官，从而使社会安宁。因此嘉靖临终前有诏给裕王（即穆宗皇帝），其中就有关于海瑞的内容。告诉他海瑞有德，贤者才能得到他，并将海瑞留给了裕王，将来或可用，还称海瑞是国之利器。三是嘉靖要维护自身形象。嘉靖认为，虽然杀了海瑞可以消气，但放了海瑞，则可以给天下留下他虚怀纳谏、宽宏大量的形象。因此，嘉靖反复揣摩后，给了海瑞一条生路。

从中可以看出海瑞的视死如归和不畏权贵，也可看出嘉靖皇帝的通情达理和智慧，海瑞和嘉靖皇帝都是举国之才。