蔡元培很敬重辜鸿铭，尽量满足辜鸿铭的一些怪癖。辜鸿铭有着封建思想，在教书的时候，一次他发现教室里有男女生坐在一块，辜鸿铭非常吃惊，于是他将所有的女生赶出了教室，并找到了蔡元培，要求以后不可以男女生在一块上课，蔡元培答应了他的要求。

蔡元培辜鸿铭之间有着互相的敬佩，蔡元培敬佩辜鸿铭，辜鸿铭也敬佩蔡元培。在五四运动中，蔡元培由于政治原因，要辞去北京大学校长的职务，辜鸿铭非常反对，他认为蔡元培是个不可多得的教育方面的人才，北京大学不能没有他。