苏峻立刻就联合了豫州刺史祖约就势反叛，发动了一场动乱。这场叛乱开始的时候几乎是一边倒的局势，苏峻领导的叛军一路势如破竹，而庾亮被打得丢盔弃甲狼狈而逃。后来苏峻自封将军把持朝政为所欲为，大臣王导一开始还护着尚且年幼的成帝，但是后来也逃出城外，这一切叛乱终于结束在一代名臣温峤手上，在他精心的谋划之下，以陶侃为首的联军讨伐叛乱的苏峻的战争才取得了胜利。

所以东晋司马衍平乱其实更贴切的讲其实是温峤平定了苏峻叛乱，而当时尚且年幼的司马衍不过是担了个平乱的帽子，其实当时九岁的司马衍并没有出太大的力气，毕竟当时的他连处理朝政的能力都还欠缺。