从细微方面来说，海禁与闭关锁国实施的背景不同。海禁是为了抵制沿海地区肆意掠夺的日本倭寇；闭关锁国是清朝为了抵制国内的反抗势力，以及可能存在的外来侵略者的威胁。

其次二者的主要针对对象不同。海禁主要是针对日本倭寇，闭关锁国政策首先是针对沿海的反抗清朝统治的势力，后来又用于防范日渐强大的外来势力。

第三点是二者的具体内容、程度有所不同。海禁主要是限制经济领域的发展，规定私人不得出海进行贸易，但是对来华交易的外商没做限制。同时对于外界的先进技术以及物产，并未盲目排斥。而闭关锁国政策，规定中国私人不能出海贸易，同时也对外国商人来中国贸易做出了限制。而且闭关锁国涉及的内容十分广泛，包括经济、文化、贸易等多方面。

最后所产生的危害程度不同。海禁的实施，影响了中国海外贸易的发展，但是相比之下，海禁带来的危害没有清朝闭关锁国的严重。而在闭关锁国政策的指导下，清朝的制度、经济、技术以及思想文化都远远地落后于世界。

总的来说，海禁是出于政治目的，对经济进行一种顺带的封锁。而闭关锁国政策更多的是一种经济政策，从众多方面进行了限制。