这时，固始汗还整休了军队，在精力恢复后重新进军，这次固始汗向青海的首领却图汗军队发起了突然袭击，这导致却图汗的军队被打败了，而且他本人也在此次突袭中被杀掉了。在这场战争中，固始汗取得了胜利，于是他便占领了青海的大部分地区。固始汗将更多的兵力安置在青海。于是青海便成为了固始汗的领地之一。

除了青海是固始汗的领地外，西藏也是他的领地之一。在将青海成功占领后，固始汗便开始占领西藏，在1642年的时候，固始汗成功打败了藏巴汗，于是西藏的政权就归固始汗了。而且固始汗在占领了西藏后，他还派自己的长子来镇守拉萨。