在国内叛党方面，白莲教的起义军在清政府多位皇帝多年的打击下，到了嘉庆年间已经举步维艰了。四川一代的白莲教首领依旧拼死抵抗，身为首领的徐天德被秦军的统帅德楞泰四处追赶，徐天德在渡河的时候，因为当时天降暴雨，河水迅速涨潮，徐天德的船只就在两河口因为船体倾覆而坠河溺死身亡。白莲教的主要首领尤绍周还在四川湖北一代，与清兵殊死抵抗，最终在和清朝将领赛冲阿的激战中战死。之后清政府启用多个将领，兵分多路围剿白莲教，白莲教在这个时期已经非常难以生存了。但是身处困境，一部分白莲教徒还是顽强抵抗，与强大的清兵生死相搏。