但关于他的死，史上也有很多版本，但最多的莫过于他的死因是应为他的疾病。他幼年时其就患有眼疾，在眼睛旁边有一颗肿瘤，常年医治无效，这也是他死因里最主要的原因之一。
最主要的还是因为战败的失利。公元255年，镇东将军和扬州刺史文钦起兵造反，反叛司马师，还将自己的儿子送到东吴，作为人质向东吴的君王讨好，但即使这样也还是没有得到东吴的有力支援。于是他们就开始向西出发，本想着要占领许昌，可才走到一半就停了下来。司马师则吩咐军队驻扎在前方，并命人监视他俩。最终，司马师自己领军，驻扎在汝阳，并故意装出一副不堪一击的样子，引诱他们。后又从后方袭击文钦，导致文钦大败。镇东将军一听到消息后，就慌忙逃走，而文钦则逃往了东吴。
后来，文钦不甘示弱，打算悄悄侵入军营行刺司马师，而听到消息的司马师受到惊吓，再加上自小就有眼疾，经常流血流脓，导致眼睛被震出眼眶。从此以后，司马师就一病不起。
长期的卧病不起，目痛和心神不宁。知道自己将要死去，于是召来弟弟司马昭，委托后事，就在这期间，司马师病痛再次袭来，泪流满面，大叫了一声之后就死了。